《阿尔宙斯超克的时空》是口袋妖怪的第12部剧场版,延续前作第10部《迪亚鲁加VS帕鲁奇亚VS达克莱伊》以及第11部《骑拉帝纳与冰空的花束 洁咪》,被称为神的神奇宝贝们战斗三部曲的最终章。
持续旅行的小智一行人,来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹,小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然,遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近,就在快被龙卷风卷入时,随著「帝牙卢卡,拜托了!」的声音出现了一名女性。下一刻,撕开空间的帝牙卢卡出现了。
这位名叫「希娜」的女性,是遗迹的守护者,拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下,让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间,并说起了在米季纳关於被称为诞生一切的幻之神奇宝贝「阿尔宙斯」的古老传说…