草莓百分百全集动画主角是国中三年级的学生真中淳平,有一天在学校的屋顶上,偶然目击了一名美少女的「草莓内裤」。於是真中便不断的寻找当初见到的那位美少女是谁。那个美少女的名字是东城綾,然而真中却误以为那位美少女是学生偶像西野司,从此便开始了他们不可思议的关係。
真中在和西野交往的同时,也逐渐的被东城给吸引住了。发现了这种情形的西野,决定隐藏自己心中的情感,和真中进入不同的高中就读。真中升上高中之后,和新同学外村弘志、北大路五月,和国中时期的好朋友东城、小宫山一起成立电影研究社。他们发现了学校过去所留下的电影比赛应募作品,决定制作出比那更好的作品出来,於是由东城写剧本,真中担任导演,以在文化祭的发表和电影比赛的应募作为目标开始制作电影。
这个故事,就是在这样的背景下,东城、西野、北大路,以及一个年纪小的青梅竹马南户,为了争夺真中所产生的一场恋爱大混战。
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