在电子星(塞伯坦)(Cybertron)内战结束约数世纪后,汽车人(Autobots)和霸天虎(Decepticon)分别演化为巨无霸(Maximals)和原始兽(Predacons)。原始兽(Predacons)的领袖霸王龙(Megatron)和其他6个人偷走了能指出主要能源所在地的金盘,并驾驶飞船(暗域号)追随金盘上的信息,运用超时空跳跃来到金盘指定的时空,霸王龙(Megatron)希望有足够的能量能使原始兽(Predacons)称霸宇宙。以黑猩猩(OptimusPrimal)为首的科学探索小队接到命令进行拦截,霸王龙(Megatron)不顾星际法律,强行进行超时空跳跃,双方坠毁于史前地球(起初双方都不知道这个星球就是地球)。他们都探测到了这个星球拥有很强的原生能量,但这种能量对他们有害。因为记载中没有提到这些能量,所以他们没有意识到这里是地球。为了达到抵抗能量干扰的目的,他们扫描当地动物并且以动物形态为变形形态,而这个星球的能量也导致了霸王龙的野心进一步膨胀,他开始带领原始兽(Predacons)掠夺能量,为了安全和生存,黑猩猩一行巨无霸展开了反击。
随着战斗的深入,一些奇异的情况被发现,原来这里是外星人“沃克人”的试验场,外星人抓住了黑猩猩(OptimusPrimal),并对他进行了扫描,因为黑猩猩(OptimusPrimal)是穿越时空来到这里,所以沃克人通过扫描看到了未来发生的事,连宇宙大帝都被他们击败了,所以沃克人心生恐惧,决定摧毁这里。天上的两个月亮之一开始变形,原来这是外星人的终极武器。黑猩猩(OptimusPrimal)决定登上原生舱(滞留舱)去炸毁外星人的武器,但是中了狼蛛(Tarantulas)的计,黑猩猩(OptimusPrimal)和外星人武器一起炸成碎片,从而导致了一场量子风暴。
外星人消失了,但危机还没有解除,根据金盘的记载,人类帮助汽车人(Autobots)打败了霸天虎(Decepticon),而人类会在某个山谷中出现,现在生活在峡谷中的类人猿就是人类的祖先,为了改变历史(未来),霸王龙(Megatron)决定杀死这些类人猿!但在恐龙勇士(Dinobot)的努力下,类人猿逃过了一劫。
更令人吃惊的是还在后面,坠毁于地球上的汽车人飞船“方舟”被发现了。至此,双方认定这就是史前地球。此时汽车人还在飞船中沉睡,霸王龙(Megatron)企图杀死擎天柱(OptimusPrime)以改变历史,但黑猩猩(OptimusPrimal)和黄豹(Cheetor)修复了擎天柱(OptimusPrime),保证了历史的正常发展。
斗争更复杂化了,霸王龙(Megatron)发现了坠毁的霸天虎(Decepticon)飞船“暴影号”,并企图用这架飞船摧毁方舟,关键时刻,巨无霸中的犀牛(Rhinox)驾驶救生船撞毁了暴影号。
装载着超时空程序的飞船再次发射了,巨无霸们踏上了回家的路程,而从暴影号中脱身的霸王龙(Megatron)被绑在在飞船的外面,和他们一起向电子星(塞伯坦)驶去......
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