1999年10月19日,巨大陨石突然向地球飞来,落下并直接击中日本涉谷,称为「涉谷陨石事件」。週围地区因此毁灭,伤亡惨重,7年后的现在涉谷仍未复兴,并持续封锁中。只是灾难并未就此结束,一切才刚开始。陨石落下后,不明宇宙生物拟态成人类活动於城市中,不断杀害人类并繁殖,造成人们的恐慌。为了消灭这些被称为宇虫(Worm)的生物,人类组成了一个祕密组织ZECT。但由於宇虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力Clock Up,ZECT一再战败。最后的希望只剩下未及完成的武装系统Masked Rider System(幪面超人系统)。如果有能够装备这套系统,并运用自如的人出现,那么ZECT就能得到足够的力量和宇虫对抗。
某天,ZECT的实习队员——加贺美新遇见了一个自称「行天之道,总司一切」(天の道を往き、総てを司れ!)的奇怪男子。此人名为天道总司。对於他桀傲不逊的态度,加贺美感到惊愕而困惑。宇虫再度出没,ZECT队员们被逼入绝境。目睹苦战的同伴,加贺美决心要成为骑士而战。但是,从空中飞来的Masked Rider System的核心——Kabuto Zector,却飞到了忽然出现的天道手中。
把从童年时就得到的腰带与Kabuto Zector组合在一起,天道在一瞬间被独角仙外型的装甲服包住身体、轻而易举的打倒了宇虫,幪面超人Kabuto就此诞生。但是,对於不过是一介平民,而且并非组织成员的天道,祕密组织ZECT判定他没有资格作为Kabuto的装备者,并委託接连诞生的新骑士们,抹杀幪面超人Kabuto合资格者-天道总司。究竟天道总司,能够凭自己一个人的力量,守护一切到底吗?逐渐明朗化的世界真相又是如何?
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