时间是昭和119年,地点是断断续续收到宇宙人攻击的地球。世界各国同心协力对看宇宙人,但科技相差甚远,连对方的身份和侵略目的都没有掌握。反应一直慢半拍的日本,在这次世界性的反抗外星人的风潮中有未能及时挺身而出,只有渐渐被世界孤立一途。就在这时,一位伟大的女科学家如彗星版的出现了。他就是真田和美博士,她发明了次时代兵器——命名为【G-ON】,它能通过感应思春期少女的各种心情,透过眼镜星的能量会聚装置,将其具化为刀剑的形状。(小生百思不得其解,莫名...)为了掌握少女的心情,日本政府设立了国立圣早川学院,集合来自各地的多愁伤感的少女。由于博士的主张,这间学校维持男女同校。然后真田博士担任学校的保健老师,防卫厅的鲸田担任校长,学生们虽然知道事情,但仍装作什么都不知道的兀自歌颂青春……
女主角仓间悠纪,在跟外星人的战斗中与G-ON产生共鸣,被真田博士网罗到G-ON RIDER,成为第三名队员。而侵略者宇宙人,也不是什么恐怖残暴角色,而是三个可爱,低智的女孩,他们经营一家侵略承包公司,负责执行侵略任务,虽然他们让地球人苦于应付,但面对预算压力和时间压力,久攻不下的地球他们也是有苦难言。