六三四之剑动画版一共有72集,其中分为少年篇和高中篇。1-49集是少年篇,50-72集是高中篇。
故事从主角夏木六三四的出生开始,由于出生的时间为6月3日4点,所以父亲夏木荣一郎便为他取名为六三四;同时六三四的发音与宫本武藏的名字日文发音相,不言而谕,其中也包含了希望他成为一代剑豪的心愿。他的父亲是被称为岩手之虎的剑道高手,母亲也是得到过全国剑道大赛冠军的人,两人都是剑道界享有盛名的人。在这样的父母的薰陶下,六三四从小就热爱剑道,在同龄人中根本找不到对手。但当被父亲带着去奈良探望父亲的前辈兼劲敌东堂国彦时,六三四也找到了自己生命中的宿敌——东堂之子修罗。
两人的第一次交战,六三四输给了修罗的一招直刺上,这也是他初次输给同龄人,令他收起骄傲的态度重新练习剑道。不久,他又遇上了一位影响他至深的人,那就是父亲的弟子大石。这两人的关系既是对手又像师徒,有了大石的狠心雕琢,才让六三四走到了今天。而父亲与东堂的战斗中,虽然胜利却失血而死,但他的拼搏气势却让六三四并没有讨厌剑道,反而更专心地进行练习,希望有一天能战胜东堂父子。到了高中篇中,为了与修罗一战,六三四采取了深山修练,云游日本各地,向各地高手进行挑战。在一次次的磨炼中渐渐成长,最后与修罗的一战中,最终击败了修罗,成为全日本高中的冠军。