故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德莱克丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特·巴顿,她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。
在故事开篇的12年前,玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后,飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是,玛格丽特独自一人回到了那芙列斯,可是已失去了记忆,她唯一能回想起的只有“玛德莱克丝”这一个词,然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣,她们开始对“安纺”展开独立的调查。
玛德莱克丝全集动画海报