故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久,高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。而这个时候,在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查著潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……
女神异闻录4,作为女神异闻录系列的第四作,以召唤人类心灵深处之力“Persona”为题材,加上灵异事件、校园生活以及冒险战斗等要素的相融合,吸引了大批的粉丝追捧。作品的起始时间设定在2011年4月,因双亲要在海外出差,所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家裡。
之后转学到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言“在雨夜的十二时,只要看着关闭着的电视屏上自己的脸,就会浮现出另一个人的影像”。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那裡遭受被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关係,以及避免其他人被捲入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。