《神奇宝贝超世代》是动画《神奇宝贝》的第二部,共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇。本部和以往的剧情不同之处在于故事变成了两个主线,小智为了参加丰缘联盟,努力挑战道馆,丰缘联盟结束后,则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力,挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队,火岩队和水舰队则显得更加“专业”。小智等人与其对抗,并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。
在此系列中,小智和无印篇的女同伴小霞分别,并和从橙华市出发的新手训练家小遥一同旅行。小遥本来只愿意旅行,但得知神奇宝贝华丽大赛后,就决定成为协调训练家。 两人都为了达成各自的目标,与神奇宝贝一同奋斗。
小遥的弟弟——小胜也跟着他们旅行,还带着神奇宝贝领航员。不过,因为小胜年龄不足,所以没有神奇宝贝。小智的顾问,也就是上一部的另一位主角,小刚也在此系列的开端回来。
小智与小刚都以新装登场,小智没有戴着旧帽子,且穿着完全不同的新行装,并且小霞在超世代中客串时,也穿着新装。
超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关都与城都地方,小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中,小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘子群岛与城都地方不似,小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所,只打算带着皮卡丘。另外,在这系列,小智也没有主要的劲敌。