在《光明之心》的故事背景方面,描述在主角意外来到的温达利亚岛上,有着各式各样的居民们过着和平的生活,而主角也在这样的环境下,跟在面包店打工的女主角一起生活着。附带一提,在一开始,玩家们可以从魔法使亚蜜儿(Amyl)、猎人妮莉丝(Nerys)跟修女艾雅莉(Airy)三名女主角当中任选其一。
在某个暴风雨经过的早晨,在海边出现一名被海浪打上岸的少女。少女除了自己的名字辉夜之外,不但失去其他的记忆,就连感情也都一并丧失。随着主角们的努力与治疗,加上跟村民们不断的心灵融合,终于使得少女的心灵与身体逐渐回复。随着少女每次取回新的感情,在少女胸口项链的“精灵石”就会不断诞生新的“心之键”,那是通往新世界的钥匙,同时也将带领玩家们在更宽广的舞台上展开全新的冒险故事……