三只眼故事全集讲述了主人公藤井八云本来是一个普通的高中生,他的父亲是一个研究妖怪的民俗学家,已经四年多不见。1987年的一天,八云在东京新宿的大街上突然遇到一位身著虎皮,手拿龙头拐杖的邋遢女孩。该女孩却带来了他父亲藤井教授的遗骨和遗书。原来,这个女孩叫做佩(帕凡提四世)是神秘的三只眼吽迦罗种族的最后残存者,拥有不老不死的力量,但是却希望能够舍去力量,变成人类。
起初,八云对于父亲委托他帮助佩去香港寻找变成人类的方法非常不满,但是随后就被发狂的妖怪橐蜚邑(人面独脚鸟)袭击后濒临死亡。时,阿佩使用了不老不死之术将八云变成了自己的无(无),救回了八云的性命。从此之后,只要佩不死亡,八云即使被打成尘埃,也能复原。