数码世界原是由三只天使管治的,可惜其中一只天使基路比兽叛变起来,令数码世界失去平衡,陷入危机。在弟弟的生日会中,闷得发呆的神原拓也在手提电话收到一个讯息,叫他到火车站;在火车途中与上源辉二,不知应可从去向的拓也就追着辉二,最后到了一个神秘的月台。
神秘月台上有数架火车,上了火车的还有织本泉、柴山纯平和冰见友树在火车上,他们各人的手提电话竟变成了武装暴龙机,而那架火车原来是一只数码精灵。当他们到达数码世界,就遇上了求助的问答兽和多加兽,正逃避沙路比兽。拓也取得了火之战魂,并将自己武装进化成火神兽,击退沙路比兽。
这次被选中的小孩,都各自拥有自己的属性,拓也的是代表火,辉二是光,泉是风,纯平是雷,友树是冰,他们都各自进化成代表这些属性的十斗士数码精灵,回复数码世界的平衡。其后故事中段,辉二再次遇上木村辉一,辉一与辉二是两兄弟,但由于父亲再婚而分隔,辉一也是十斗士之一,所代表的属性是暗。
三天使之一的神圣天使兽也被消灭,而变回数码蛋,敷出来的巴达兽就除一同上路。而再后期基路比兽已回复正常,可惜出现了更厉害的敌人,拓也和辉二亦不断进化,去解决数码世界被毁灭的危机...