特命战队捍卫者国语版全集讲诉在新西历1999年，于日本境内大南地区，一处名为传输研究中心的机构——拥有专属Enetron能量储存槽的新型研究所——在耶诞节的晚上，研究所主系统无预警地被来历不明的程式病毒入侵和感染。此程式病毒在获取庞大的数据资料后，衍生出了自我意识，并且演变成最糟糕的情况——生命体Messiah的出现。
情况紧迫之下，研究所所长（弘的父亲）作出了重大的抉择。为了避免Messiah现象（感染病毒后电脑程式的成长、扩散）借由互联网扩散，蔓延到全世界，决定使用物质传输装置将整栋建筑物转移到亚空间，并嘱托部下黑木猛（后为特命部的司令官）要将病毒程式shut down。然而，虽然能暂时的渡过危机，但Messiah现象总有一天会从亚空间穿梭回来。
同时，困在研究室里的人员（弘、龙次和阳子的父母亲也在其中）也因此生死未卜。（第四集中司令官说亚空间里不可能有幸存者了）所长想解救身在研究所里的弘（6岁）、龙次（15岁）和阳子（2、3岁）。他为避免他们遭受波及，在这三个孩子以及三台工程机器人体内植入能抵抗病毒（meta-virus）的疫苗程式，在研究所将被转移到亚空间前的千钧一发之际将其送出研究所外。
由于疫苗程式的关系，三个孩子熬过普通人无法负荷的物质传送过程，同时得到了特殊的超力量，背负著长大后必须成为Go Busters的特殊任务，却也同时背负著如同电脑般麻烦的副作用与弱点。三台工程机器人也有了属于自身的意识，成为“Buddyroid”，也成为三位Go Busters的得力伙伴。
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