小魔女DOREMI第四部故事主题为‘毕业’虽然先先代女王托比安已经记起人间界的回忆,但仍然被六条荆棘绕着,令女王继续陷于沉睡之中。
另一方面小花因为为了与Doremi五人一起上学,自己用魔法变成12岁女孩,但同时弄碎了她头上四粒魔法珠,所以小花要参加魔法升级考试,而Doremi五人继续以魔女见习生身份从旁指导小花。小花就因为这个原因之下居住人间界,并改名为“卷机山花”。另一方面,她们六人要制作纺织品,消除六条荆棘,令沉醉中的前任女王苏醒。
后半期,先先代女王托比安的荆棘突然侵向魔女界,魔法使界及人间界,并发放令人哀伤的黑雾。同时间,小花认识了魔女界动物园的小飞象巴奥,她们两个利用“手风琴”,解开附在人身上的哀伤黑雾。
最后,荆棘已经被Doremi六人解除,先先代女王也苏醒过来;同时先先代女王及其他魔女用魔法,把“魔女被人类发现后,就变成魔女青蛙”的诅咒消除。但她们六个亦随着小学毕业,和Doremi五人亦决定放弃做魔女之后,各走前程。Doremi继续升上美空中学;羽月及音符各自升往另一间中学读书;爱子返回大阪与家人同住;桃子因爸爸在日本完成工作,返回纽约居住;小花则返回魔女界。
小魔女DOREMI第四部全集动画海报