新世纪福音战士破

　　新世纪福音战士破全集动画片片头一开始由真希波驾驶五号机迎击第三使徒，以自爆歼灭，插入拴脱离。同时加持已乘坐飞机离开，后来加持给了源堂「尼布甲尼撒之钥」。 镜头转到第三新东京市，真嗣与源堂到了唯的墓碑前扫墓，后来第七使徒入侵，二号机将其迎击，明日香登场，后来搬到了美里家与真嗣、美里同居，并转学到了真嗣与綾波的学校。

　　加持邀情真嗣、綾波、冬二、剑介以及明日香参观将红色海水还原的机构，真嗣在加持的话语中知道了美里加入NERV的原因，也就是第二次冲击。 第八使徒来袭，并差点快坠落於第三新东京市时，真嗣驾驶初号机用AT力场承接，核心则由綾波的零号机固定，由二号机击破（这是美里的作战计画，被律子认为「这只是妳对使徒的復仇」），两架EVA都受了相当严重的损伤。修理期间真嗣等人度过了一段快乐的校园时光。

　　碍于「梵蒂冈条约」规定一国只能有三架EVA，二号机由欧洲政府封印於NERV，明日香代替綾波去驾驶三号机，事后綾波在明日香的手机中留言了「谢谢」两字。

　　明日香在与美里讲完了电话，进入三号机的插入拴中，结果被第九使徒给入侵，并且三号机（第九使徒）从松代实验场一直往NERV本部前进，源堂指派了以维修完成后搭载傀儡系统的初号机出击，因為真嗣知道三号机也有驾驶者在内，无法出手，所以系统转由傀儡系统操控，初号机以暴力的战斗方式将三号机分尸并捕食，三号机插入拴当场被咬碎。目睹这个场景的真嗣对自己杀了人感到非常悔恨，后来他开著初号机威胁并踩踏NERV本部直到LCL浓度升高，初号机停摆為止。

　　真嗣在源堂的面前说出「我不想再驾驶EVA了」，却被源堂回了一句「你还想继续逃避吗？」之后从美里家离家出走。 明日香从三号机的插入拴中被NERV救回，奇蹟生还。但是律子担心她遭受使徒精神污染的可能性，所以就暂时将她安置在隔离机器裡。

　　第十使徒来袭，NERV派出了所有的兵力来抵抗，秘密入境的真希波驾驶了二号机抵挡使徒，由於使徒的AT力场非常强，她只好啟动了「BEAST MODE」，击破了使徒的许多层AT力场但仍然不敌，由零号机手持N2炸雷攻击。虽然使徒受到N2炸雷的零距离攻击，但仍丝毫无损。结果零号机被使徒捕食，使徒的识别讯号变成零号机，身体也长出了类似女性身体的机构。

　　真嗣被真希波所驾驶的二号机从避难所带到地表，初号机拒绝傀儡系统，所以真嗣到了本部，对著源堂说出他要驾驶初号机出击。 初号机在真嗣的「把綾波......还给我！」这句话之下觉醒，从使徒身体中拉出綾波后，拘束具逐渐脱落，律子说：「初号机将成為类似神的型态的新生命，因為新生命诞生的代价，第三次冲击即将开始，世界即将结束。」这时，从天上落下了隆基努斯之枪的复製品，击中了初号机，第三次冲击停止并消失。薰驾驶的六号机从天而降，说出了谜样的话语：

　　「那么...约定的时刻来临了，碇真嗣。至少这次一定要让你幸福！」