银河铁道物语第二部全集动画故事的开始是被认為是宇宙中心的星球,银河铁道的全部乾线的起点站迪斯迪尼(Destiny)。有纪学為了继承不在世的父亲和哥哥的遗志,加入守护银河铁 道的安全的空间铁道警备队(简称SDF)。SDF為了守护在宇宙被认為是正确的银河铁道的运行日程,应付在各线路发生的事故,如灾害、救命急救、宇宙海盗 的讨伐等。
与SDF与银河铁道全线拉上关系的是一神谜的美女Layla Destiny Shura,她持有看出人和生物,行星的命运的能力。她并不会随时使用其力 量,让旅客自己寻找自己的方向,可说是一个「命运的守护者」。可是,有人用邪恶的力量打算改变旅客的命运,迫使她发动出隐藏的力量。
银河铁道物语第二部全集动画海报