翼年代记小狼是玖楼国的考古学家,和小樱公主从小便是青梅竹马。多年后,经过挖掘,神秘遗迹渐渐露出。小樱本打算向小狼表白爱意,但当天晚上飞王控制小樱前往遗迹,遗迹因拥有无穷力量的小樱的到来突然发生异样,催动了小樱身上力量的苏醒,使小樱身上长出记忆之翅,并在遗迹中隐没。小狼冲上去抱住小樱。由于小狼的打断,记忆之翅上的羽毛一根根飞散,接着她便昏迷不醒。神官雪兔(玖楼国祭司)得知小樱的“羽毛”已飞散到各式各样的异世界去,那些羽毛是公主的记忆(内心结晶),若不赶快找回部份羽毛,小樱将会有生命危险。由于情势危急,雪兔决定把两人送到身在不同的次元世界的“异次元的魔女”侑子身边。
在日本国,知世公主为了让经常杀戮(虽然只是杀死入侵者及敌人)的忍者黑钢了解“强”的真正意义,便在他身上施咒,不准他再杀戮(咒的内容大概:如果黑钢随意杀生的话,力量就会减少一点。),又把他送往异世界“异次元的魔女”处,希望他在旅程中了解“强”的真正意义。而在色雷斯国,法伊为逃离阿修罗王的追捕,用魔力把自己送到“异次元的魔女”身边。小樱、小狼、黒钢、法伊四人都抵达了“异次元的魔女”侑子面前,她能实现任何人的愿望,只要付出相对的代价,就能够实现愿望。为了实现愿望,各人都交出了自己最宝贵的东西。小狼交出与小樱的“关系性”(即小樱对小狼的一切记忆,即使“羽毛”全部找回,小樱也想不起与小狼的过往),黒钢交出自己的宝刀“银龙”(这把刀是他的生命),法伊交出了自己的魔法(就是后背上的纹身)。小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程,而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到,这一切的一切,都是一个巨大的阴谋……
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