舞台设为近未来的地球,是称为『异界』的不可思议的世界。故事的前半部分,展开了在『异界』,从长眠中醒来的主人公 风与女主角丽莎(lisa)相遇的一系列冒险。狙击风的敌人的存在,风追寻的宿敌的存在,异界的人们所恐惧的混沌,还有『unlimited』又是什么…………样样的迷题编织出了重厚的剧本。『FF:U』虽然是完全原创的故事,路行鸟与召唤兽、飞空艇等等、散布着FF系列相熟的要素。全新的最终幻想在此诞生了。
故事从一个突然出现在日本某处海上的不明黑色柱状物体开始,这个黑色柱状物体开始从异世界召唤召唤兽。一位地质学家Hayakawa博士与他的太太Marie冒险尝试穿过通往异世界的大门,最后安全地回到了地球,他们将他们的冒险经验写成了一本书。接着他们两夫妇又再次回到异世界,打算进行第二次探险,不过这次他们就没有那么幸运了…… Hayakawa博士的孩子们Ai与Yuu,决定去寻找他们失踪的父母们。他们试着从父母亲最初旅行的线索开始找起,之后他们发现父母亲的出发点为异世界的地下铁站,而火车将在12点13分13秒启程前往异世界,就这样他们开始了他们寻找亲人的故事……