银河铁道999全集动画共113集，银河铁道999全集动画讲述的是主角星野铁郎受母亲的影响，希望搭上银河铁道999，到达可以获得免费改造成机械身体权利的安达罗星云，母亲却被机械伯爵所杀，后来遇上谜样的女子，给他的车票，于是搭上列车，展开旅程，途中经过宇宙中各种不同的星星，发生各种事情。
动画片《银河铁道999》有点像人类文明发展史，也有点像对人类社会的观察，故事藉由主角搭乘999号银河铁道，经由一个个星球不同的文明相貌，表达作者不同的观点及感想，这在当时他们那一辈的作家像手冢治虫等人常用的手法：短篇的故事表达出很深刻的观察。
银河铁道999全集动画主角简介：
星野铁郎，未来的地球上，少数未做机械化身体的完全人类。梦想是到可以免费换机械身体的铁道999号终站。
梅德尔，外表似铁郎之母的女郎。不知为何有两张无限期的999号列车车票，且身份不明，亦不知其为人类否。在冥王星可能有一段伤心的过去。
足立，在明日之星因二人车票被偷儿租的临时公寓，他们唯一的室友。外表上与铁郎年纪相彷，很有想法，不气馁的年轻人。在食用铁郎临别前送的泡面时发现超特急999号列车。但被大婶（公寓管理员）笑谈为年轻人的梦话。
