赵氏孤儿动画版全集动画改编自元代杂剧《赵氏孤儿》。动画电影赵氏孤儿背景取自2500多年前的春秋时代，是中国历史上纯真和无所顾忌的时代，也是想象力勃发的时代。以战功起家的晋国贵族赵氏家族，权势和声望不断膨胀，甚至让国王晋灵公都艳羡恐惧不已。心高气傲的将军屠岸贾，一直遭赵氏的轻视和排挤，在国王的默许下将赵氏一家三百口诛杀。
为了赵氏孤儿的安全，一批舍生取义的壮士牺牲了。先是赵氏孤儿的妈妈(晋灵公的女儿)把孤儿托付给一位经常出入驸马府的民间医生程婴，为了消除程婴对于泄密的担忧，自己立即自缢身死；程婴把赵氏孤儿藏在药箱里，企图带出宫外，被守门将军韩厥搜出。
没料到韩厥也深明大义，在韩厥迟疑当中，他指挥程婴把婴儿带了出去，为赵氏留下唯一的血脉放走了程婴和赵氏孤儿，自己拔剑自刎；屠岸贾得知赵氏孤儿逃出，竟然下令杀光全国一月以上、半岁以下的婴儿，违抗者杀全家诛九族；程婴为了拯救赵氏孤儿，决定献出自己的独子，以代替赵氏孤儿，并由自己承担“窝藏”的罪名，一起赴死；
原晋国大夫公孙杵臼硬要以年迈之躯代替程婴承担隐藏赵氏孤儿的罪名，然后撞阶而死……20年后，程婴告诉了赵氏孤儿这一切，他就把复仇的烈火射向了血债累累的屠岸贾。
